L’intero ambito di attività relativo ai servizi di finanziamento per la formazione delle imprese viene gestito con un Sistema di Qualità conforme alla norma ISO 9001: 2015, certificato da SQS, Associazione Svizzera per la certificazione dei Sistemi di Qualità e di Management, fino al 7 agosto 2023.
Il funzionamento di Fondimpresa è improntato a modalità flessibili, modulari e il più possibile semplificate di accesso ai finanziamenti: presentazione e gestione dei piani on line tramite il sistema informatico del Fondo, con sportello sempre aperto per i piani aziendali; utilizzo della posta elettronica certificata per richiedere il finanziamento sugli Avvisi; autocertificazione dei requisiti per la concessione dei contributi; attestazione delle spese rendicontate da parte di un revisore dei conti.