Negli organi di Fondimpresa sono presenti in misura paritetica componenti nominati da Confindustria e dalle organizzazioni sindacali dei lavoratori Cgil, Cisl e Uil.
Organi dell’associazione sono il Comitato di indirizzo strategico dei Soci, l'Assemblea, il Consiglio di Amministrazione, il Presidente e il Vicepresidente, il Collegio sindacale.
